Koç Üniversitesinde eğitim-öğretim ücrete tabidir. 2012-2013 ders yılında yerleştirilen öğrenciler için eğitim-öğretim ücreti Tıp Fakültesi dışındaki programlar için KDV dahil 36.500 TL’dir; Tıp Fakültesi 2012-2013 ders yılı eğitim-öğretim ücreti KDV dahil 50.300 TL’dir. Yılık ücretlerin yarısı Güz dönemi başında, geri kalanı Bahar dönemi başında ödenir. Tüm öğrencilere yurt imkanı ücret karşılığı verilmektedir. Koç Üniversitesi yaklaşık her üç öğrencisinden birine burs imkanı sağlamaktadır. Burslar tüm programlarımız için karşılıksız olup normal eğitim-öğretim süresince devam eder. Burslarımız karşılıksızdır ve normal öğrenim süresince devam etmektedir. Bu süre Yabancı Dil Hazırlık Programı okuyacak öğrenciler için Hazırlık Programı süresi artı dört yıl (Tıp Fakültesi için Hazırlık Programı süresi artı altı yıl); Hazırlık Programı’nda okumadan birinci sınıfa başlayan öğrenciler için ise dört yıldır.(Tıp Fakültesi için altı yıldır)
Derslere devamlılık gösteren öğrenciler akademik başarısızlıktan dolayı burs kaybı yaşamazlar. Koç Üniversitesi programlarına burslu olarak yerleştirilen öğrenciler Üniversitenin başka bir programına yatay geçiş yaptıklarında burs hakları devam eder. Herhangi bir burs kontenjanından Koç Üniversitesinin bir lisans programına yerleşip bu programı tamamlamış veya ayrılmış olanlar herhangi bir burs indiriminden yararlanamazlar. Eğitim-öğretim, yurt ücretleri ve burslar her yıl Mütevelli Heyeti tarafından, maliyet artışları ile o yılın Üniversite bütçesi göz önünde tutularak saptanır.