Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde doğal oluşumlu göl yoktur. Ancak Fırat ve Dicle üzerinde kurulmuş baraj gölleri bulunmaktadır. Bölgenin ve ülkenin en büyük baraj gölü olan Atatürk Barajı bu bölge sınırları içindedir.
- Keban Baraj Gölü (Elazığ)
- Karakaya Baraj Gölü (Malatya-Elazığ)
- Atatürk Baraj Gölü (Adıyaman-Şanlıurfa)
- Birecik Baraj Gölü (Birecik)
- Karkamış Baraj Gölü(Kargamış)
- Ilısu Baraj Gölü